在第一次被交易之后的哈登， 12年11月1日休斯敦火箭正式和哈登签约了一份5年7850万美元的合约。而在12-13赛季的揭幕战上，在火箭以105-96击败活塞的比赛中，哈登出战44分钟，砍下37分6篮板12助攻4抄截1盖帽，哈登成为NBA历史上第一位，在新球队首秀砍下30分12次助攻的球员，不过在此之前的火箭，经历了姚明退役，以及三个赛季排名第九，无法进入季后赛的情况，所以属于重组阶段。尽管哈登个人的能力，已经足够担任球队的明星首发后卫，是整体的实力并不能够称得上是顶级强队，在哈登来到火箭的第二个赛季，球队签下了德怀特·霍华德，常规赛成绩排名西部第四，但是进入季后赛以后 ，情况却急转直下。他们在首轮遭遇波特兰拓荒者，火箭大比分2-3落后，在第六场比赛的最后0.9秒他们以98-96领先，结果利拉德神级出手三分压哨绝杀。火箭再次无缘晋级，球队也遭遇了重组之后，连续两年无法突破季后赛首轮的窘境。在2014-15赛季哈登带领球队拿下了西部第二的好成绩，哈登自己也在赛季中期对阵金块和国王的比赛中。哈登狂砍50分10篮板4助攻，以及51分8篮板6助攻，哈登成为火箭队史首位单季两次得分50+的球员，哈登用优异的成绩入选年度一阵，但是不幸的是在哈登火力全开，準备带领球队在季后赛向总冠军发起衝击的这个赛季，来自旧金山的浪花势力正在以光速掘起，火箭在首轮和次轮分别以4-1和4-3击败了小牛和快艇，但是在西部总决赛上碰到了金州勇士被对手4-1轻取，无缘总决赛。
总教练也被球队高层解僱。而在这一场悬殊的较量之后，勇士给哈登和火箭带来的噩梦也才刚刚开始。在15-16赛季的哈登心态出现了些许变化，尽管场均得分仍然高达29分，但是这个赛季的哈登无法专注于篮球，哈登从一个球队的第六人再到另一个球队的领袖。年仅26岁的年轻人一定会出现飘飘然的状态，哈登开始喜欢上夜店的生活。同时一整个夏天几乎没怎么训练，几乎都在和当时的女友科勒-卡戴珊约会，再到后来和她的情感纠葛，场下的生活过于丰富，导致在这个赛季哈登无法集中在球场上，而哈登也丧失了往日的风采，得分能力大不如前，场均出手只有8.4次，更像是一位蓝领球员，只专注于篮板和防守。
