bsp法甲基化步骤 分分钟带你读懂BSP——甲基化检测“金标准”

2020-03-29 13:00:35 搜球吧 足球资讯

来看个甲基化吧?

bsp法甲基化步骤 分分钟带你读懂BSP——甲基化检测“金标准”(1)

圈圈圆圆圈圈,天天年年天天~喔呜喔~你看清棋局了吗?


那接下来就介绍一下我们今天的主角---BSP,即Bisulfite Sequencing PCR,BSP克隆测序法,是目前甲基化检测的金标准。


很多老师们的研究中都会涉及DNA甲基化,因为这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现了对基因表达的调控。比如在肿瘤发生时,抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG岛中的CpG则呈高度甲基化状态,导致抑癌基因表达的下降。


所有存在CpG岛的基因(包括启动子区域、基因本体)都可以用BSP来进行检测。


· 正 · 经 · 介 · 绍 ·


DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一,真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶。即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下的CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。

大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因重新活化和表达,这种DNA修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。


BSP实验原理:

用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后在CpG岛两端设计引物进行PCR,将目的产物纯化后进行TA克隆,每个克隆挑取阳性克隆测序,最后将测得的序列与原始序列比对,统计甲基化位点及数量,并分析甲基化程度。


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基于重亚硫酸盐转化的甲基化分析原理

BSP实验样品要求:

1、组织样本:≥50 mg, -20℃保存,冰袋运输;

2、DNA样本:体积≥20ul,浓度≥100ng/ul,DNA总量≥2ug,-20℃保存,低温冰袋运输。

3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于1ml

4、细胞样本:10^6个以上。

(不符合要求的样品还是悄咪咪的重新准备样品吧,不然很可能做不出来结果。)


技术路线:

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Emmm......技术路线太长,偷个懒。大家有问题的都去麻烦我们技术支持小姐姐代为回答,以下是她微信二维码


扫它扫它,就是它↑↑↑


不麻烦的问题,还是由我带大家来看一下:BSP的结果展示


BSP结果与分析:


点状图

展示甲基化的经典方法,白色空心点表示未发生甲基化的CG位点,黑色实心点表示发生甲基化的CG位点。

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柱状图

目的基因待测片段的综合甲基化水平,分别综合统计整个序列在实验组和对照组中的甲基化比例(黑色实心点数/黑色实心点数+白色空心点数)。将实验组与对照组的甲基化比例为数据源,制作柱状图。

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好啦~围棋就教到这儿~

没懂的,需要复习的,

有课后题不会做的,需要知道实验细节的,

欢迎随时留言评论哦~


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以上就是bsp法甲基化步骤的内容,希望您能喜欢。